中国科学技术大学体育教学部始终按照教育部颁布的《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》及相关文件精神，积极进行体育课程的改革与创新，并依据学校的发展基础和学生的特点，形成了自己的课程特色：针对大一新生特点，在第一学期开设基础体育课，即男拳女操，同时还有健身跑和身体素质练习等内容，目的在于增强学生体质，为今后的选项课打下基础。大一下学期及大二年级，学生可根据自己的爱好、时间在校教务处综合教务系统进行自主选课，为保证学生正常毕业，在大二年级前必须修完四个体育学分。
为了贯彻学校本科生“2+X”培养模式，体育教学中心今后会根据学生需求和现有的资源为高年级学生提供新颖、丰富的体育选修课程，保证我校学生在本科学习期间有条件学习至少2种以上运动项目，进一步完善体育课程体系。同时为了满足研究生对体育选修课的需求，在本部和高新校区适量开设研究生体育选修课。
打造特色体育运动品牌。加强游泳课程建设，加强游泳项目的普及与推广，通过学习游泳以及自救方法让学生掌握基本的生命救助技能；加强龙舟俱乐部和社团建设，培养学生团队精神和拼搏进取精神。